Deskripsi Lambang Masjid Manunggal adalah sebagai berikut:
1. Gambar Kubah Masjid dalam lingkaran
2. Inisial “M”
3. Gambar Kubah Masjid dan Inisial “M” berwarna hijau.
Arti Lambang
1. Gambar Kubah Masjid sebagai simbol persatuan dengan semangat ukhuwah islamiyah, sehingga jama’ah muslim dapat berbondong-bondong menuju rumah Allah untuk beribadah
2. Inisial “M” menunjukkan huruf pertama dari kata Manunggal berarti menjadi satu dalam sikap dan tingkah laku yang secara historis mengingatkan pada jasa TNI yang telah menyatu dengan warga dalam program Abri Masuk Desa (AMD) mendirikan Masjid Manunggal.,
3. Warna hijau pada gambar kubah masjid dan inisial “M” bermakna ketinggian cita-cita dan semangat umat muslim dalam beramar ma’ruf nahi munkar dengan penuh kelembutan dan kesantunan serta memberikan rasa kenyamanan.